最高峰の「日本ジュニア」がJGA単独主催になったのは1995年
「日本ジュニアゴルフ選手権」は1957年（昭和32年）週刊ゴルフの主催で「全日本ジュニアゴルフ選手権」として創始されました。1968年（昭和43年）、この大会を引き継ぐ形で主催者がスポーツニッポン新聞社に変わり、翌年には女子競技が設けられました。2年後はスポニチ、全日本学生ゴルフ連盟の共催、JGA後援の競技となり、1976年に中学生の部が加わり、男子は36ホール、女子は18ホール、中学生は27ホールの競技でそれぞれ優勝が争われることとなります。
1981年（昭和56年）はスポニチ、全日本ジュニアゴルフ選手権実行委員会の共催で開かれ、翌年JGA、スポニチ、全国高等学校ゴルフ連盟の3社共催となり、大会名は「日本ジュニアゴルフ選手権」となります。1983年から2日間の大会となり、1987年から3日間で競技が行われました。
1995年（平成7）からJGAの単独主催となり、男子15～17歳(54ホール)、女子15～17歳(36ホール)、男子12～14歳(36ホール)、女子12～14歳(36ホール)の年齢別4部門となります。2010年(平成22年)からすべての部門が54ホールで争われるようになり、2010年日本オリンピック委員会より、「JOCジュニアオリンピックカップ大会」の認定を受けています。
そういった経緯から、1995年以前の成績は、「全国高等学校ゴルフ選手権大会」に移り、日本ジュニアの歴史は1995年から新たなスタートを切ることになりました。
2025年から全国高等学校ゴルフ選手権の「個人戦」を廃し、「団体戦」のみの開催が決まっています。「緑の甲子園」の愛称で呼ばれている団体戦のスタートは1980年（昭和55年）。関東、関西の2地区から34校170人が参加して行われました。栄えある第1回優勝校はPL学園でした。女子の部は第7回大会から。オープン競技として4校が参加し、堀越学園が優勝しています。
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